Nữ Vương Học Đường Phần 3 (Majisuka Gakuen 3) đưa khán giả vào cuộc sống khắc nghiệt tại Nhà tù HOPE, nơi được biết đến với cái tên gọi khác là Nhà tù Majisuka. Tại đây, với việc thực thi Luật vị thành niên đã được cải cách, các nhà tù dành cho trẻ em phạm pháp đã xuất hiện. Câu chuyện xoay quanh những cô gái trẻ nguy hiểm bị xã hội và gia đình bỏ rơi, họ được tập trung lại ở một nơi mà thời gian giam giữ không có hồi kết.