Truyện kể về một cô gái trẻ đã mặc cả với một nàng tiên trắng để thực hiện điều ước của mình. Nhưng để đổi lấy điều ước, cô phải trở thành một cô gái phép thuật và đương đầu với những mụ phù thủy đáng sợ. Magia Record: Mahou Shoujo Madoka☆Magica Gaiden là câu chuyện xoay quanh cuộc phiêu lưu nguy hiểm và khám phá bí ẩn của những cô gái phép thuật trong thế giới tối tăm và rợn người.